Los seis humedales que gozan del reconocimiento internacional Ramsar y la Laguna Verde de Apaneca enfrentan diferentes problemáticas generadas, en su gran mayoría por el hombre.

La belleza paisajística y su enorme aporte ecosistemático es amenazado diariamente por desechos sólidos, descargas de aguas residuales de uso agrícola, industrial y domiciliar, quema de cultivos, uso de agroquímicos entre otros. El MARN, con el apoyo de los actores locales diseñaron planes operativos para restaurar estos importantes sitios.