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Esta área es la responsable de la evaluación de la calidad del agua de los recursos hídricos superficiales y determinación de la disponibilidad hídrica de los mismos.

Se genera información sobre calidad del agua para mejorar el conocimiento acerca de la disponibilidad hídrica y restricciones de calidad y las amenazas para la población.

Además, se realizan investigaciones sobre Calidad de Agua con fines de ordenamiento territorial, protección, identificación de zonas críticas, propuestas de usos de agua y propuestas de descontaminación.